Η Ιόνιος Ακαδημία υπήρξε το πρώτο νεώτερο ελληνικό πανεπιστήμιο και κόσμησε την Κέρκυρα επί 40 χρόνια από το 1824 μέχρι το 1864, δηλαδή μέχρι την Ένωση της Επτανήσου με την Ελλάδα.

Η ίδρυση του Πανεπιστημίου υπήρξε έμπνευση, αλλά και πραγμάτωση του βρετανού φιλέλληνα Φρειδερίκου Νορθ, κόμητα του Γκίλφορντ, που συνδεόταν ιδιαίτερα με την Κέρκυρα, την οποία πρωτοεπισκέφθηκε το 1791, όταν αυτή βρισκόταν ακόμη υπό τους Βενετούς. Είκοσι σχεδόν χρόνια αργότερα, όταν οι Άγγλοι είχαν πλέον καταλάβει τα Επτάνησα και την Κέρκυρα, συνέλαβε την ιδέα να συστήσει στην Ιθάκη ένα Πανεπιστήμιο επανδρωμένο με έλληνες λόγιους, στο οποίο θα μορφωνόταν Έλληνες αλλά και σπουδαστές από άλλες μεσογειακές και βαλκανικές χώρες, οι οποίοι θα λάμβαναν ελληνική παιδεία σε ελληνική γλώσσα, προκειμένου να βοηθηθεί η πνευματική ανάπτυξη του Γένους και να μην είναι πλέον αναγκαία η μετάβαση των Ελλήνων σε Πανεπιστήμια της Ευρώπης για ανώτερες σπουδές, όπως συνέβαινε μέχρι τότε.

Ήδη από το 1811 ο λόρδος Γκίλφορντ, όπως έμεινε ευρύτερα γνωστός, άρχισε συστηματικές προετοιμασίες για την επίτευξη του σκοπού του, που κράτησαν πάνω από 8 χρόνια. Το μεγάλο αυτό εγχείρημα αποτέλεσε αρχικά αποκλειστικά έργο συντονιζόμενο και χρηματοδοτούμενο από τον Βρετανό φιλέλληνα.

Στην πρόσκλησή του προς γνωστούς έλληνες λογίους να συμμετάσχουν στο νέο Πανεπιστήμιο δεν βρήκε τελικά ανταπόκριση, κι έτσι αναγκάστηκε να επιλέξει και να χρηματοδοτήσει ο ίδιος τις σπουδές ενός σημαντικού αριθμού νέων επιστημόνων και λογίων σε ευρωπαϊκά πανεπιστήμια, προκειμένου να τους χρησιμοποιήσει στη συνέχεια ως καθηγητές. Ως «Άρχων της Παιδείας» του Ιονίου Κράτους εξασφάλισε την έγκριση της Βρετανικής Προστασίας για την ίδρυση του Πανεπιστημίου στην Ιθάκη, επεξεργάστηκε τον Οργανισμό και τους κανονισμούς λειτουργίας του με βάση ευρωπαϊκά πρότυπα, φρόντισε για τη σύσταση βιβλιοθήκης, αλλά και για κάθε λεπτομέρεια, όσο ασήμαντη και να ήταν. Παράλληλα, ως υπεύθυνος για την Παιδεία όλων των βαθμίδων στο Ιόνιο Κράτος, φρόντισε για τη σύσταση αλληλοδιδακτικών σχολείων, την επιμόρφωση διδασκάλων στο σύστημα αυτό, την ίδρυση Ιεροδιδασκαλείου κλπ.

Η έκρηξη της Ελληνικής Επανάστασης έγινε αιτία να μεταφερθεί η έδρα του Πανεπιστημίου, που βρισκόταν πλησιέστερα στην επαναστατημένη Ελλάδα, στην Κέρκυρα. Τα επίσημα εγκαίνια της Ιονίου Ακαδημίας έγιναν στις 29 Μαίου 1824 με πανηγυρικό τρόπο.

Λίγους μήνες νωρίτερα, τον Νοέμβριο του 1823, είχαν αρχίσει τα προπαρασκευαστικά μαθήματα για την εισαγωγή σπουδαστών σε αυτήν. Η αρχική σύλληψη του ιδρυτή της αλλά και το Νομοθετικό Διάταγμα που καθόριζε τη λειτουργία της προέβλεπαν την ίδρυση τεσσάρων Σχολών: Θεολογικής, Νομικής, Ιατρικής και Φιλοσοφικής. Δεν έγινε όμως δυνατή η λειτουργία και των τεσσάρων Σχολών εξαρχής. Από την αρχή είχαν υπάρξει όχι μόνο αδιαφορία, αλλά και αντιδράσεις στη δημιουργία του, όχι μόνο από τη βρετανική προστασία, αλλά κυρίως από ισχυρούς εντόπιους παράγοντες που θεωρούσαν ότι η Ακαδημία θα καθιστούσε προσιτή την ανώτερη εκπαίδευση σε ευρύτερες κοινωνικές τάξεις, γεγονός που θα επηρέαζε το μονοπώλιο στην πανεπιστημιακή παιδεία στην Ιταλία που είχαν οι γόνοι των ευγενών οικογενειών και στη συνέχεια την κατάληψη θέσεων και αξιωμάτων. Οι επιφυλάξεις των Βρετανών αφορούσαν όχι μόνο στις μεγάλες δαπάνες που απαιτούσε η πλήρης λειτουργία του Ιδρύματος, αλλά και στο γεγονός πως το Πανεπιστήμιο απευθυνόταν σε όλους τους Έλληνες και όχι μόνο στους Επτανησίους.

Επιπλέον, επικρατούσε τότε σε ορισμένους κύκλους η άποψη, που υποστήριζε άλλωστε και ο Ιωάννης Καποδίστριας, ότι η εκπαίδευση έπρεπε να χτίζεται από την πρωτοβάθμια βαθμίδα προς τα πάνω. Ο Γκίλφορντ όμως πίστευε το αντίθετο, ότι δηλαδή πρώτευε η δημιουργία Πανεπιστημίου που θα εκπαίδευε διδασκάλους, αφού υπήρχε σημαντική έλλειψη την εποχή εκείνη, γιατί αλλιώς δεν θα μπορούσαν να στελεχωθούν τα σχολεία των άλλων βαθμίδων. Ο αιφνίδιος θάνατος του Γκίλφορντ το 1827 και η επιστροφή στην Αγγλία της μοναδικής βιβλιοθήκης του, την οποία εκείνος είχε μεταφέρει στην Κέρκυρα και κληροδοτήσει στην Ιόνιο Ακαδημία, επιτάχυναν την κρίση του Πανεπιστημίου και τα οικονομικά προβλήματά του, αφού εξέλειψε ο ιδρυτής της, ο οποίος συνέχιζε να αποτελεί την παράλληλη σταθερή πηγή χρηματοδότησής της. Ο αριθμός των πανεπιστημιακών εδρών περικόπηκε και το 1828 ανεστάλη η λειτουργία της Ιατρικής Σχολής, που επαναλειτούργησε μόλις το 1844. Τη διοίκηση του Πανεπιστημίου ανέλαβε τριμελής επιτροπή. Το 1834 πρόεδρος της τριμελούς επιτροπής εξελέγη ο κερκυραίος ιστορικός Ανδρέας Μουστοξύδης, που αργότερα παραιτήθηκε για να ασχοληθεί απερίσπαστος με το πολιτικό του έργο στην Ιόνιο Βουλή. Το 1837 ιδρύθηκε η Σχολή «του πολιτικού μηχανικού», που λειτούργησε μέχρι το 1857, ενώ το 1841 προστέθηκε το λεγόμενο «Φαρμακευτικό Σχολείον» για την εκπαίδευση φαρμακοποιών.

Το 1857 καταργήθηκε η διοικούσα την Ιόνιο Ακαδημία τριμελής επιτροπή και ανέλαβε πάλι τη διεύθυνση της ως «Άρχων της Παιδείας» αυτή τη φορά ο Ανδρέας Μουστοξύδης, μετά το θάνατο του οποίου το 1860 τον διαδέχτηκε ο Αντώνιος Πολυλάς.

Η Ιόνιος Ακαδημία διέκοψε τη λειτουργία της, χωρίς καν την έκδοση Διατάγματος καταργήσεώς της και διαλύθηκε αθόρυβα αμέσως μετά την Ένωση της Επτανήσου με την Ελλάδα, που αδυνατούσε να συντηρήσει δύο πανεπιστήμια, και κάποιοι από τους καθηγητές της μετατέθηκαν στο Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο της Αθήνας. Στα 40 χρόνια λειτουργίας της δίδαξαν σε αυτήν πολλές διακεκριμένες προσωπικότητες: Ο Κωνσταντίνος Ασώπιος, ο Χριστόφορος Φιλητάς, ο Ιωάννης Καραντηνός, ο Νικόλαος Πίκκολος, ο εθνικός μας ποιητής Ανδρέας Κάλβος, ο Νεόφυτος Βάμβας, ο Κωνσταντίνος Τυπάλδος, που έγινε μητροπολίτης Σταυρουπόλεως και αργότερα αναδιοργάνωσε την θεολογική Σχολή της Χάλκης, ο Αθανάσιος Πολίτης, μετέπειτα μητροπολίτης Κερκύρας, ο φιλόσοφος, πολιτικός και διπλωμάτης Πέτρος Βράιλας-Αρμένης οι καθηγητές της Ιατρικής Κωνσταντίνος Ζαβιτσιάνος και Χαράλαμπος Τυπάλδος Πρετεντέρης, και πολλοί άλλοι.

Η Ιόνιος Ακαδημία παρά τα εγγενή προβλήματά της είχε έναν μεγάλο αριθμό αποφοίτων και παρήγαγε ορισμένες σημαντικές προσωπικότητες. Υπήρξε ένα πανεπιστήμιο που είχε σχεδιαστεί με πολύ υψηλούς στόχους και προδιαγραφές σε μια εποχή εξαιρετικά δύσκολη. Παρά το ότι ο ιδρυτής του ήταν Βρετανός, ο χαρακτήρας του ήταν εξ αρχής εθνικός, επρόκειτο δηλαδή για ένα ελληνικό πανεπιστήμιο που έπρεπε να λειτουργήσει μέσα σε ένα περιβάλλον ξένης κυριαρχίας. Κάτω από τις συνθήκες αυτές η Ιόνιος Ακαδημία επιτέλεσε ένα σπουδαίο έργο παρέχοντας ανώτερη παιδεία αρχικά σε όλους τους έλληνες, και αργότερα, μετά την ίδρυση του Καποδιστριακού Πανεπιστημίου το 1837, κυρίως στους Επτανήσιους.Το σύγχρονο Ιόνιο Πανεπιστήμιο υπερηφανεύεται ότι είναι η συνέχεια αυτού του πρώτου ελληνικού Πανεπιστημίου.