Πληροφορίες για τα Μεταπτυχιακά Προγράμματα Σπουδών και τις Διδακτορικές Σπουδές του Ιονίου Πανεπιστημίου υπάρχουν διαθέσιμες στις παρακάτω διευθύνσεις ανά ακαδημαϊκό τμήμα:

Μεταπτυχιακά Προγράμματα Σπουδών

• Τμήμα Ιστορίας
  https://history.ionio.gr/gr/postgraduate/postgraduate-programs/
• Tμήμα Ξένων Γλωσσών, Mετάφρασης και Διερμηνείας
  http://dflti.ionio.gr/el/node/12
• Τμήμα Αρχειονομίας, Βιβλιοθηκονομίας και Μουσειολογίας
  http://tab.ionio.gr/?q=node/11
• Τμήμα Πληροφορικής
  http://di.ionio.gr/content/postgraduate-studies/postgraduate-studies/
• Τμήμα Τεχνών Ήχου και Εικόνας
  https://avarts.ionio.gr/gr/studies/postgraduate/ma/
• Τμήμα Μουσικών Σπουδών
  https://music.ionio.gr/gr/studies/postgraduate/postgraduate-programs/

Διδακτορικές Σπουδές

• Τμήμα Ιστορίας
  https://history.ionio.gr/gr/postgraduate/phd-dissertations/
• Tμήμα Ξένων Γλωσσών, Mετάφρασης και Διερμηνείας
  http://dflti.ionio.gr/el/node/18
• Τμήμα Αρχειονομίας, Βιβλιοθηκονομίας και Μουσειολογίας
  http://tab.ionio.gr/?q=node/41
• Τμήμα Πληροφορικής (μεταδιδακτορική έρευνα)
  http://di.ionio.gr/wp-content/uploads/2016/07/ΚΑΝΟΝΙΣΜΟΣ-Μεταδιδακτορικής-Έρευνας-στο-Τ-Π.pdf
• Τμήμα Τεχνών Ήχου και Εικόνας
  https://avarts.ionio.gr/gr/studies/postgraduate/phd/
• Τμήμα Μουσικών Σπουδών
  https://music.ionio.gr/gr/studies/postgraduate/doctorates/