Πληροφορίες για τα Μεταπτυχιακά Προγράμματα Σπουδών και τις Διδακτορικές Σπουδές του Ιονίου Πανεπιστημίου υπάρχουν διαθέσιμες στις παρακάτω διευθύνσεις ανά ακαδημαϊκό τμήμα:
Μεταπτυχιακά Προγράμματα Σπουδών
- Τμήμα Ιστορίας
https://history.ionio.gr/gr/postgraduate/postgraduate-programs - Tμήμα Ξένων Γλωσσών, Mετάφρασης και Διερμηνείας
http://dflti.ionio.gr/el/dept/studies/postgraduate - Τμήμα Αρχειονομίας, Βιβλιοθηκονομίας και Μουσειολογίας
http://tab.ionio.gr/el/postgraduates - Τμήμα Πληροφορικής
http://di.ionio.gr/postgraduate-studies - Τμήμα Τεχνών Ήχου και Εικόνας
https://avarts.ionio.gr/gr/studies/postgraduate/ - Τμήμα Μουσικών Σπουδών
https://music.ionio.gr/gr/studies/postgraduate/postgraduate-programs - Τμήμα Περιβάλλοντος
https://envi.ionio.gr/gr/studies/postgraduate-studies/
Διδακτορικές Σπουδές
- Τμήμα Ιστορίας
https://history.ionio.gr/gr/postgraduate/phd-dissertations - Tμήμα Ξένων Γλωσσών, Mετάφρασης και Διερμηνείας
http://dflti.ionio.gr/el/dept/research/doctoral - Τμήμα Αρχειονομίας, Βιβλιοθηκονομίας και Μουσειολογίας
http://tab.ionio.gr/el/postgraduates/doctoral - Τμήμα Πληροφορικής (μεταδιδακτορική έρευνα)
http://di.ionio.gr/category/phdstudies - Τμήμα Τεχνών Ήχου και Εικόνας
https://avarts.ionio.gr/gr/studies/postgraduate/phd - Τμήμα Μουσικών Σπουδών
https://music.ionio.gr/gr/studies/postgraduate/doctorates