Πληροφορίες για τα Μεταπτυχιακά Προγράμματα Σπουδών και τις Διδακτορικές Σπουδές του Ιονίου Πανεπιστημίου υπάρχουν διαθέσιμες στις παρακάτω διευθύνσεις ανά ακαδημαϊκό τμήμα:

Μεταπτυχιακά Προγράμματα Σπουδών

• Τμήμα Ιστορίας
  https://history.ionio.gr/gr/postgraduate/postgraduate-programs
• Tμήμα Ξένων Γλωσσών, Mετάφρασης και Διερμηνείας
  http://dflti.ionio.gr/el/dept/studies/postgraduate
• Τμήμα Αρχειονομίας, Βιβλιοθηκονομίας και Μουσειολογίας
  http://tab.ionio.gr/el/postgraduates
• Τμήμα Πληροφορικής
  http://di.ionio.gr/postgraduate-studies
• Τμήμα Τεχνών Ήχου και Εικόνας
  https://avarts.ionio.gr/gr/studies/postgraduate/
• Τμήμα Μουσικών Σπουδών
  https://music.ionio.gr/gr/studies/postgraduate/postgraduate-programs
• Τμήμα Περιβάλλοντος
  https://envi.ionio.gr/gr/studies/postgraduate-studies/

Διδακτορικές Σπουδές

• Τμήμα Ιστορίας
  https://history.ionio.gr/gr/postgraduate/phd-dissertations
• Tμήμα Ξένων Γλωσσών, Mετάφρασης και Διερμηνείας
  http://dflti.ionio.gr/el/dept/research/doctoral
• Τμήμα Αρχειονομίας, Βιβλιοθηκονομίας και Μουσειολογίας
  http://tab.ionio.gr/el/postgraduates/doctoral
• Τμήμα Πληροφορικής (μεταδιδακτορική έρευνα)
  http://di.ionio.gr/category/phdstudies
• Τμήμα Τεχνών Ήχου και Εικόνας
  https://avarts.ionio.gr/gr/studies/postgraduate/phd
• Τμήμα Μουσικών Σπουδών
  https://music.ionio.gr/gr/studies/postgraduate/doctorates