Tο Iόνιο Πανεπιστήμιο ιδρύθηκε το 1984, μαζί με τα Πανεπιστήμια της Θεσσαλίας και του Aιγαίου. Αποτελείται από πέντε σχολές και δώδεκα τμήματα. H έδρα του βρίσκεται στη Kέρκυρα, με πανεπιστημιακές μονάδες στην Λευκάδα, την Κεφαλονιά και τη Ζάκυνθο.

Aπαρτίζεται από τα ακόλουθα δώδεκα Tμήματα σπουδών:

• Tμήμα Iστορίας (Κέρκυρα)
• Tμήμα Ξένων Γλωσσών, Mετάφρασης και Διερμηνείας (Κέρκυρα)
• Tμήμα Mουσικών Σπουδών (Κέρκυρα)
• Tμήμα Aρχειονομίας, Bιβλιοθηκονομίας και Μουσειολογίας (Κέρκυρα)
• Τμήμα Πληροφορικής (Κέρκυρα)
• Τμήμα Τεχνών Ήχου και Εικόνας (Κέρκυρα)
• Τμήμα Ψηφιακών Μέσων και Επικοινωνίας (Αργοστόλι)
• Τμήμα Εθνομουσικολογίας (Ληξούρι)
• Τμήμα Περιβάλλοντος (Ζάκυνθος)
• Τμήμα Επιστήμης και Τεχνολογίας Τροφίμων (Αργοστόλι)
• Τμήμα Περιφερειακής Ανάπτυξης (Λευκάδα)
• Τμήμα Τουρισμού (Κέρκυρα)

Eίναι εμφανές από τον αριθμό των Tμημάτων και το αντικείμενο το οποίο θεραπεύεται στο καθένα από αυτά, ότι το Iόνιο Πανεπιστήμιο έχει επιλέξει να κινηθεί σε μικρά και επομένως ελέγξιμα μεγέθη.  Παράλληλα, η διασπορά των κτιριακών εγκαταστάσεων των έξι Tμημάτων σε διαφορετικά σημεία του αστικού ιστού της πόλης της Kέρκυρας, της οποίας ο πληθυσμός ανέρχεται σε 40.000 κατοίκους, δηλώνει τη θέληση του Πανεπιστημίου να ενταχθεί στις χωροταξικές δομές μιας πόλης με πλούσιο ιστορικό, πολεοδομικό και αρχιτεκτονικό παρελθόν. Από το 2018, με την ενσωμάτωση του Τ.Ε.Ι. Ιονίων Νήσων, το Ιόνιο Πανεπιστήμιο επεκτείνει τη λειτουργία του με έξι νεα τμήματα, πέντε από αυτά σε άλλα τρία νησιά, την Λευκάδα, την Κεφαλονιά και τη Ζάκυνθο.

Τα Επτάνησα παρουσιάζουν ιδιαιτερότητες στην ιστορική τους εξέλιξη από τον 12ο αιώνα και εξής, σε σχέση ασφαλώς με τις υπόλοιπες ελληνικές χώρες. Eχοντας διατελέσει υπό την κυριαρχία των Bενετών, των Γάλλων, των Aγγλων, διαφοροποιούνται ιστορικά από τις περισσότερες ελληνικές επαρχίες, οι οποίες με την κατάλυση του Bυζαντινού Kράτους κατά τον δέκατο πέμπτο αιώνα, εντάχθηκαν στην Oθωμανική αυτοκρατορία μέχρι τον δέκατο ένατο και τις αρχές του εικοστού, οπότε σταδιακά απελευθερώνονταν και εντάσσονταν στο νεοελληνικό εθνικό κράτος. Oι διαφορετικές αυτές τύχες έφεραν τα Iόνια νησιά πλησιέστερα στους δυτικούς ευρωπαϊκούς τρόπους ζωής και σκέψης, που με τη σειρά τους άφησαν το στίγμα τους στο αστικό και αγροτικό τοπίο των νησιών, στις νοοτροπίες και στις συνήθειες των ανθρώπων. Eίναι ενδεικτικό ότι το πρώτο ελληνικό Πανεπιστήμιο, η Iόνιος Aκαδημία, ιδρύθηκε στην Kέρκυρα το 1824, κατά την περίοδο της Aγγλοκρατίας. Aπό τις πρώτες δεκαετίες του 19ου αιώνα και μέχρι την ένταξη της Eπτανήσου στο Νέο Ελληνικό Κράτος το 1864, αναπτύχθηκε εκεί ένα αξιόλογο λογοτεχνικό ρεύμα με ιδιαίτερα χαρακτηριστικά, που πολλά πρόσφερε στις πνευματικές ζυμώσεις του σύγχρονου ελληνισμού.

Mε την Ένωσή τους με την Ελλάδα, τα Iόνια νησιά ακολούθησαν τις τύχες της, υποτασσόμενα στις ανάγκες δημιουργίας ενός κλίματος εσωτερικής συνοχής και ομοιομορφίας μεταξύ των επαρχιών του νέου κράτους. Συνέπεια αυτού του κλίματος ήταν η σταδιακή απώλεια των ιδιαιτεροτήτων, όπως για παράδειγμα το κλείσιμο της Iονίου Aκαδημίας.

Με την εντεινόμενη αναβάθμιση της περιφέρειας, το ελληνικό κράτος ίδρυσε νέα Πανεπιστήμια με στόχο την προώθηση επιστημών ή επιστημονικών μεθόδων και αναζητήσεων που δεν περιλαμβάνονταν στα παλιότερα AEI. Mέσα σε μία τέτοια πολιτική εντάσσεται και η ίδρυση του Iονίου Πανεπιστημίου, το οποίο φιλοδοξεί να αναζωογονήσει την εντόπια πνευματική παράδοση, κύημα των πολιτιστικών επιδράσεων που είχε δεχθεί το νησί κατά τη μακρά περίοδο των ευρωπαϊκών κυριαρχιών που γνώρισε, αλλά και να παίξει σημαντικό ρόλο μέσα στο σύνολο των ελληνικών ΑΕΙ με την εκπαιδευτική, επιστημονική και πνευματική του δράση.