Η Επιτροπή Διαχείρισης του Ειδικού Λογαριασμού εκδίδει τον Οδηγό Χρηματοδότησης και Διαχείρισης του Ειδικού Λογαριασμού, όπου περιγράφονται συνολικά τα όργανα, οι διαδικασίες αξιολόγησης, επιλογής, χρηματοδότησης και οικονομικής διαχείρισης των δραστηριοτήτων, καθώς και η διάδοση, αξιοποίηση και εκμετάλλευση των αποτελεσμάτων και προϊόντων των ερευνητικών και άλλων δραστηριοτήτων που χρηματοδοτούνται μέσω του Ειδικού Λογαριασμού.

Με τον Οδηγό Χρηματοδότησης και Διαχείρισης καθορίζονται επίσης οι αρμοδιότητες, οι υποχρεώσεις των υπευθύνων των έργων για τις διάφορες κατηγορίες δραστηριοτήτων, το πλαίσιο και τα θέματα αμοιβών όσων συμμετέχουν σε έργα που χρηματοδοτεί και διαχειρίζεται ο Λογαριασμός, καθώς και κάθε περίπτωση χρηματοδότησης και οικονομικής διαχείρισης που δεν προβλέπεται από την ανωτέρω κοινή υπουργική απόφαση.