Το Τμήμα Πληροφορικής της Σχολής Επιστήμης της Πληροφορίας & Πληροφορικής του Ιονίου Πανεπιστημίου οργανώνει και  λειτουργεί από το ακαδημαϊκό έτος 2018-2019 Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Ψηφιακές Εφαρμογές και Καινοτομία» (Digital Applications and Innovation), το οποίο λειτουργεί σύμφωνα με την υπ. αριθμ. 2280/26-06-2018 απόφαση της Συγκλήτου του Ιδρύματος (ΦΕΚ 3029/27.07.2018, τ. Β’).

Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) στις «Ψηφιακές Εφαρμογές και Καινοτομία» έχει ως αντικείμενο την παροχή εξειδικευμένων γνώσεων και την ανάπτυξη ικανοτήτων αξιοποίησης των νέων ψηφιακών τεχνολογιών (αναλυτική μεγάλων δεδομένων, συνεργατικές εφαρμογές, κινητό υπολογίζειν, τεχνολογίες διαχείρισης ανθρωπιστικών δεδομένων, εικονικοί κόσμοι, ρομποτική) σε κρίσιμους κλάδους της Ελληνικής Οικονομίας (τουρισμός, πολιτισμός, εκπαίδευση, υγεία, αγροτική παραγωγή), με σκοπό την ανάπτυξη αλλά και διαχείριση της καινοτομίας σε αυτούς.
Σκοπός του ΠΜΣ είναι να δώσει τη δυνατότητα δια βίου επιστημονικής εκπαίδευσης αφενός σε πτυχιούχους (ελεύθεροι επαγγελματίες, άνεργοι) που επιθυμούν να αποκτήσουν γνώσεις και ικανότητες στο πεδίο των ψηφιακών τεχνολογιών προκειμένου να απασχοληθούν σε αναπτυσσόμενους επιστημονικούς τομείς (π.χ. ψηφιακός τουρισμός, βιοπληροφορική, ευφυής γεωργία, ηλεκτρονική επιχειρηματικότητα), και αφετέρου σε εργαζόμενους του δημόσιου ή του ιδιωτικού τομέα που επιθυμούν να ανταποκριθούν στις συνεχώς αυξανόμενες πιέσεις του επαγγελματικού τους περιβάλλοντος για χρήση νέων τεχνολογιών και ανάπτυξη καινοτομίας στο πεδίο εργασίας τους.