Σύμφωνα με το άρθρο 12 του Ν. 4485/2017 (Α΄ 114), όπως ισχύει:
Άρθρο 12 Όργανα του Ιδρύματος

Τα όργανα του Ιδρύματος είναι:

α) η Σύγκλητος,
β) το Πρυτανικό Συμβούλιο,
γ) ο Πρύτανης,
δ) οι Αντιπρυτάνεις.

Ο Πρύτανης και οι Αντιπρυτάνεις εκλέγονται από ειδικό σώμα εκλεκτόρων το οποίο απαρτίζεται από το σύνολο των καθηγητών πρώτης βαθμίδας, των αναπληρωτών καθηγητών, των επίκουρων καθηγητών, μόνιμων και επί θητεία, καθώς και των υπηρετούντων λεκτόρων στο Ιόνιο Πανεπιστήμιο.

Δικαίωμα υποψηφιότητας για το αξίωμα του Πρύτανη έχουν οι καθηγητές πρώτης βαθμίδας, του Ιονίου Πανεπιστημίου, οι οποίοι τελούν σε καθεστώς πλήρους απασχόλησης κατά το χρόνο διενέργειας των εκλογών.

Δικαίωμα υποψηφιότητας για το αξίωμα του Αντιπρύτανη έχουν οι καθηγητές πρώτης βαθμίδας και οι αναπληρωτές καθηγητές, οι οποίοι τελούν σε καθεστώς πλήρους απασχόλησης κατά το χρόνο διενέργειας των εκλογών.

Ο Πρύτανης έχει μεταξύ άλλων τις εξής αρμοδιότητες και όσες άλλες προβλέπονται από τις διατάξεις του παρόντος νόμου, του Οργανισμού και του Εσωτερικού Κανονισμού του Ιδρύματος, καθώς και των λοιπών διατάξεων της κείμενης νομοθεσίας:  Είναι υπεύθυνος για την εύρυθμη λειτουργία του Ιδρύματος, συγκαλεί την Σύγκλητο και το Πρυτανικό Συμβούλιο, καταρτίζει την ημερήσια διάταξη, προεδρεύει των εργασιών τους και μεριμνά για την εκτέλεση των αποφάσεών τους. Συγκαλεί οποιοδήποτε συλλογικό όργανο του Ιδρύματος, όταν αυτό παραλείπει παρανόμως να λάβει αποφάσεις, και προεδρεύει των εργασιών του χωρίς δικαίωμα ψήφου. Με απόφασή του, που δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως, καθορίζει τη σειρά με την οποία τον αναπληρώνουν οι Αντιπρυτάνεις αν απουσιάζει ή κωλύεται προσωρινά να ασκήσει τα καθήκοντά του και ύστερα από έγκριση της Συγκλήτου, τον τομέα ευθύνης και τις επιμέρους αρμοδιότητες του κάθε Αντιπρύτανη.

Σύμφωνα με το Νόμο 4485/2017 (Α΄114/ 04.08.2017) Άρθρο 13:

Η Σύγκλητος αποτελείται από

α)Τον Πρύτανη,
β) Τους Αντιπρυτάνεις,
γ) Τους Κοσμήτορες των Σχολών,
δ) Τους Προέδρους των Τμημάτων,
ε) Τους εκπροσώπους των φοιτητών σε ποσοστό 10% του συνόλου των μελών της Συγκλήτου των περιπτώσεων α΄ έως δστ) Τρεις εκπροσώπους, έναν ανά κατηγορία από τα μέλη Ε.Ε.Π., Ε.ΔΙ.Π. και Ε.Τ.Ε.Π. του Ιδρύματος
ζ) Έναν εκπρόσωπο των διοικητικών υπαλλήλων του Ιδρύματος.

Η Σύγκλητος ρυθμίζει την εκπαιδευτική και ερευνητική πολιτική του Ιδρύματος, τη πολιτική για τη διασφάλιση της ποιότητας, εγκρίνει χρηματοδοτούμενα έργα και έργα συνεχιζόμενης εκπαίδευσης και δια βίου μάθησης. Εγκρίνει τα μητρώα εκλεκτόρων, τα προγράμματα σπουδών και διατυπώνει γνώμη προς τον Πρύτανη για την κατανομή του συνόλου των πιστώσεων. Η ακριβής σύνθεση και ο αριθμός της Συγκλήτου με δικαίωμα ψήφου καθώς και οι προϋποθέσεις και κάθε θέμα σχετικό με την εφαρμογή των ανωτέρω, προβλέπονται από το Οργανισμό και τον Εσωτερικό Κανονισμό του Ιδρύματος, αντίστοιχα.

Σύμφωνα με το Νόμο 4485/2017 (Α΄114/ 04.08.2017)  Άρθρο 14: 

Το Πρυτανικό Συμβούλιο αποτελείται από:
α) τον Πρύτανη,
β) τους Αντιπρυτάνεις,
γ) έναν εκπρόσωπο των φοιτητών, που υποδεικνύεται
και προέρχεται από τους εκλεγμένους φοιτητές που μετέχουν στη Σύγκλητο,
δ) τον εκπρόσωπο των διοικητικών υπαλλήλων που
μετέχει στη Σύγκλητο.

Το Πρυτανικό Συμβούλιο, μεταξύ άλλων,   εισηγείται στη Σύγκλητο τη στρατηγική για την ανάπτυξη του Ιδρύματος σε τοπικό, εθνικό, ευρωπαϊκό και διεθνές επίπεδο, καταρτίζει και αναμορφώνει τον ετήσιο τακτικό οικονομικό προϋπολογισμό και τον τελικό οικονομικό απολογισμό του Ιδρύματος, καθώς και τους αντίστοιχους του προγράμματος δημοσίων επενδύσεων, τους υποβάλλει προς έγκριση στη Σύγκλητο και εποπτεύει την εφαρμογή των σχετικών αποφάσεων της Συγκλήτου.